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扣船是取得诉前担保的一种方式，一般是去船舶所在港口的法院申请，由法院做出扣押令而扣押船舶。如果要释放被扣押的船舶，船东往往会被要求提供相应金额的担保。
你问题中所说的法院应不应该接受此案，如果你指的是具体审理此案的话，那在合约中有仲裁条文的情况下，显然是不行。

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补充一点的是如果对方在法院提起诉讼，那么你们要根据仲裁条文向法院提出管辖权异议，而不能认为法院会自动放弃管辖权。